בית הספר לפיתוח מנהיגות הוקם בשנת 1982, בהחלטת קצין חינוך ראשי (תא"ל יוסי אלדר), על בסיס שתי יחידות עצמאיות שפעלו כל אחת בנפרד במסגרת חיל החינוך: המכון להכשרת מפקדים והיחידה להכשרת סגלים. הראשון נועד לתת מענה לסוגיות מנהיגותיות-חינוכיות בעבודת המפקד והשני נועד לתת מענה לבעיות ולקונפליקטים בתחום עבודת הצוות של היחידות הלוחמות. לאחר הקמת בית הספר, הוקמו בו שתי יחידות נוספות: (1) יחידת הסברה אשר התעסקה בשאלות ערכיות בעבודת המפקד, שמאוחר יותר (בשנת 1992) שונה שמה והיא נקראה "היחידה לפיתוח ערכי פיקוד" – יע"פ; ו-(2) יחידת מחקר ופיתוח (מו"פ) שנועדה לחבר את בית הספר למחקרים ולידע העולמי בנושאי מנהיגות וכן לבצע מחקרי מנהיגות בצה"ל, במטרה לבסס את התשתית התאורטית והמעשית לעבודת בית הספר כולו.יוסי אלדר, מפקד בית הספר וקצין חינוך ראשי באותן שנים, שאף לראות את בית הספר כרפרנט מקצועי למפקדים בשטח וכמייצג כלפיהם את האספקטים ההתנהגותיים בנושאי המנהיגות בתוך תהליכי ההכשרה של המפקדים ובתוך התפקוד היום-יומי השוטף של היחידות.תהליך זה הגדיר את תפקיד בית הספר כמפתח מנהיגות. כלומר, האחריות לפיתוח המנהיגות עברה ממנחי הסדנאות אל המפקדים ותפקיד בית הספר היה לסייע להם למצות את פוטנציאל המנהיגות הטמון בהם.בשנת 1999 אוחדו שלושת המדורים של ביסל"ם (המכון להכשרת מפקדים, היחידה להכשרת סגלים והיחידה לערכי פיקוד) על ידי מפקד בית הספר באותם ימים, סא"ל מיקי רוזנשטיין, אשר ביקש לתת ליחידות הפונות מענה המרוכז אצל גורם אחד בתוך בית הספר.